آثار عرفانی و اخلاقی امام خمینی(ره)
شرح دعای سحر (عربی)
امام خمینی این کتاب را در سال ۱۳۴۷ق یعنی در ۲۷ سالگی تالیف کرده است. سال تألیف این اثر مصادف است با سال ورود شاه آبادی به قم. امام خمینی در دو نقطه از ایشان یاد و مطلبی نقل می‌کند. تألیف این کتاب در سال اول شاگردی نزد شاه‌آبادی، این نکته را روشن می‌کند که امام خمینی همان‌گونه که خودش در اولین برخورد و ملاقات با شاه‌آبادی گفته، فلسفه را قبلا خواند بوده و در عرفان نیز کار کرده و استاد دیده بودد. این کتاب به زبان عربی بوده و ترجمه فارسی آن نیز منتشر شده است.
مصباح الهدایة الی الخلافة والولایه (عربی)
این کتاب در بیان حقیقت محمدیه و ولایت علویه است که با ترجمه فارسی آن پس از انقلاب اسلامی ایران چاپ شده است. تألیف این کتاب در سال ۱۳۴۹ق به پایان رسیده است. این کتاب و شرح دعای سحر فقط برای کسانی که با عرفان و اصطلاحات آن آشنایی دارند، قابل استفاده است.
لقاءالله (فارسی)
مقاله‌ای به زبان فارسی در هفت صفحه که در آن از استادش شاه‌آبادی یاد می‌کند. این رساله در پایان کتاب لقاءالله حاج میرزا جواد ملکی تبریزی چاپ شده است.
سر الصلاة
صلاة العارفین یا معراج السالکین (فارسی) این کتاب برای خواص از اهل عرفان و سلوک نوشته شده و تاریخ پایان تألیف آن سال ۱۳۵۸ق است و تا حال دوبار چاپ شده که بار اول مستقل و بار دیگر در یادنامه مرتضی مطهری چاپ شده است. در این کتاب از اسرارالصلاة شهید ثانی و شاه‌آبادی یاد می‌شود و نیز به شرح اربعین خود ارجاع می‌دهد که معلوم می‌شود شرح اربعین را پیش از سرالصلاة نوشته یا هنگام نوشتن سرالصلاة آن کتاب هم در دست تألیف بوده است.
تعلیقة علی شرح فصوص الحکم (عربی)
تعلیقة علی مصباح الانس (عربی)
تعلیقة علی شرح حدیث رأس الجالوت (عربی)
شرح حدیث راس الجالوت (عربی)
تفسیر سوره حمد (فارسی)
الحاشیة علی الاسفار (عربی)
آداب الصلاة (فارسی)
مبارزه با نفس جهاد اکبر (فارسی)
شرح حدیث جنود عقل و جهل (فارسی)
اربعین - شرح اربعین (فارسی)
کتاب‌های فقه استدلالی
.
کتاب الطهارة
- جلد اول، بحث نجاسات، تاریخ پایان تألیف، ۱۰ ذیحجه ۱۳۷۳ق چاپ اول در ۲۷۲ صفحه در قم و چاپ دوم در ۳۵۸ صفحه در نجف سال ۳۸۹ق.
- جلد دوم، بحث ماء ثلاثه. تاریخ پایان تألیف، ۲۲ ربیع الاول ۱۳۷۶ق چاپ قم در ۳۱۹ صفحه.
- جلد سوم، بحث تیمم. تاریخ پایان تألیف، ۱۱ شعبان ۱۳۷۶ق چاپ قم در ۲۳۵ صفحه.
- جلد چهارم کتاب مذکور پیرامون بحث از احکام نجاسات است. این کتاب که آخرین قسمت از مباحث طهارت بوده، تألیف آن در تاریخ ۲۸ ذیقعده ۱۳۷۷ق به پایان رسیده و چاپ آن نیز در نجف اشرف به سال ۱۳۸۹ق انجام گرفته است. تعداد صفحات این جلد ۲۹۰ صفحه است.
المکاسب المحرمة
کتاب البیع
کتاب الخلل
رسالة فی التقیة
رسالة فی قاعدة من ملک
رسالة فی تعیین الفجر فی اللیالی المقمره
رساله لا ضرر
رسالة الاستصحاب.
رسالة فی التعادل والتراجیح
رسالة الاجتهاد والتقلید
رسالة فی الطلب والارادة
تعلیقة علی کفایة الاصول.
رساله در موضوع علم اصول
رساله‌های عملیه یا فقه غیراستدلالی
تعلیقة علی العروة الوثقی (عربی)
تعلیقة علی وسیلة النجاة (عربی)
حاشیه توضیح المسائل (فارسی)
رساله نجاة العباد (فارسی)
حاشیه رساله ارث (فارسی)
تحریر الوسیله (عربی)
زبدة الاحکام (عربی)
توضیح المسائل (فارسی)
در زمان آیت‌الله بروجردی احساس شد که رساله عملیه او ب
ملحقات توضیح المسائل (فارسی)
استفتائات (فارسی)
حکومت اسلامی یا "ولایت فقیه" (فارسی)
کشف اسرار (فارسی)
دیوان شعر (فارسی).
رساله‌ای مشتمل بر فوایدی در بعضی مسائل مشکله.
تقریرات درس امام خمینی
تهذیب الاصول (عربی)
رسالة فی قاعدة لا ضرر یا نیل الاوطار.
رسالة فی الاجتهاد والتقلید (عربی).
لُبُّ الْاَثَر یا رسالة فی الطلب و الاراده و الجبر و التفویض (عربی)
کتاب البیع (عربی)
صحیفه امام (فارسی)
وصیت‌نامه سیاسی الهی (فارسی)
ره عشق
باده عشق
